日文加「は」和不加「は」的差別

像「今、何時ですか」和「今はまだ早いです」
這兩句明明主詞都一樣，為什麼一個要加「は」，另一個卻不加呢？

今、何時ですか：單純表示詢問現在幾點。
今はまだ早いです：把「今」提出來作為一個主題，所以有強調、把焦點放在這個主題上的感覺，因此是指現在這個時間點還早。

使用「今は」、「明日は、」「今日は、」由於是把單字提出來作為主題，因此會有一種強調跟其他時候不一樣的意思。

比如說對著女同事說：
今日は美しいですね。
你今天好漂亮喔。
↑ 日本女生聽到可能會不高興。（所以昨天很醜？）

通常在讚美女性時會說：
今日も美しいですね。
今天也很漂亮呢。（表示昨天以前也是一樣漂亮。）

「遥香、案外アイドルの素質あるんだ」和「遥香は案外アイドルの素質あるんだ」，加「は」和不加「は」的意思有差別嗎？如有的話差別在哪裡？

這兩句差異並不大，前者單純省略助詞而已，後者就是一般描述句。
當然根據情境不同，也可以用剛剛的說法來做比較：
遥香、案外アイドルの素質あるんだ：單純描述遥香有偶像素質
遥香は、案外アイドルの素質あるんだ：強調遥香跟其他人不一樣，特別有偶像素質。

「明日学校へ行きます」和「明日は学校へ行きます」
加「は」和不加「は」的意思有差別嗎？如有的話差別在哪裡？

同理。

明日学校へ行きます：單純描述明天會去學校。
明日は学校へ行きます：強調明天會去學校，也許平常不會去，但明天會去。

「EUと日本、個人データの相互移転で最終合意」和「EUと日本は個人データの相互移転で最終合意」，加「は」和不加「は」的意思有差別嗎？如有的話差別在哪裡？

在文章或新聞表現上經常省略助詞（特別是立標題的時候），兩句意思相同，並沒有特別的差異。

個人データの相互移転で最終合意，順便問這句中的「で」有什麼作用

表示在這件事情上面達成協議。